Numerosi ritrovamenti testimoniano della presenza umana nel territorio di Toffia fin dalla media età del bronzo (1700-1350 a.C.). Del periodo romano, di una certa rilevanza sono i resti quasi completamente interrati di una villa rustica in località Marignano (villa Marianus o Marinianus) abitata tra il I e il II sec. d.C., ma i numerosi frammenti archeologici rinvenuti nel paese, fanno desumere che Toffia fosse già all’epoca un centro importante. La prima testimonianza documentata su una porzione di questo territorio, è riportata nel Regesto Farfense di Gregorio da Catino per registrare un atto di donazione e risale a prima dell’incoronazione di Carlo Magno, quando nel 761 Sundebado anche chiamato Aliperto, longobardo di Rieti dona al Monastero di Farfa tutti i suoi beni posti nel luogo chiamato Criptula (oggi Grottuccia). Una Notitia Judicati (sentenza longobarda) del 940, attesta che nel Castellum de Tophila vicino aecclesiam Sancti Laurentii un certo Leone riconosce all’Abazia di Farfa la titolarità su metà del Castello e su località ancora oggi riconoscibili : Casalis Meianula et Criptulae et Curiano. Le donazioni alla Chiesa erano molto diffuse nel Medioevo ed erano motivate dal desiderio di assicurarsi la remissione dei peccati dopo la morte, ma anche da un prudente calcolo amministrativo : nelle instabili condizioni politiche e sociali di quel tempo si sottraevano le proprietà ai pericoli di guerre espropri e devastazioni, mettendole al sicuro nelle mani della Chiesa e riservandone l’usufrutto per sé e per i propri eredi; a volte però anche questa soluzione non era garanzia sufficiente, come dimostra un documento del 1116 dove i monaci farfensi chiedono giustizia al papa Pasquale II per le usurpazioni patite nei loro possedimenti, e tra questi troviamo Criptulae et Tofiam Castellum. Il castello originario, intorno all’odierna Via Castel di Dentro, nel XIV secolo conobbe una notevole importanza tanto da divenire la seconda sede del Vescovo di Sabina. La crescita demografica si tradusse in nuove costruzioni e nel tardo Quattrocento quest'area fu riorganizzata con la costruzione di una Rocca, l’ampliamento della cinta muraria e con una porta nuova, Porta Maggiore. Durante il periodo nel quale a Farfa dominarono gli Orsini, anche Toffia era sotto il controllo della famiglia baronale, ma nel XVI secolo al termine della loro egemonia, il castello tornò in pieno possesso del monastero farfense e ne condivise le sorti.